吴花燕事迹曝光后，慈善机构“9958儿童紧急救助中心”在吴及家人不知情的情况下，同时使用两个筹款平台筹款，一周内共计筹得超过一百多万人民币，但却只为吴支付了2万人民币。中国网友得知后要求慈善机构解释捐款流向[10]。
2020年1月17日，AI财经社爆料贵阳市第二人民医院表示连43斤女大学生吴花燕的两万元医疗费都没收到[11]。100万捐款一分都没用于吴花燕身上。网友捐赠给吴花燕的钱都疑似被慈善机构9958负责人侵吞[12]。很多网友表达了对这个慈善机构和政府的不满。[13][14]
一个名为“XX听新闻”的抖音帐号，同样在吴花燕不知情的情况下，以“护燕行动”之名，在抖音平台以二维码收款的方式为吴筹款，其后声称已将45万交予吴花燕，但吴花燕家人表示根本没有拿这笔钱，怀疑该抖音账号只是借吴来吸引流量[15]。
据资深媒体人郑鹤红指出，9958的负责人王昱，利用重症儿童的名义募集大量捐款。但是这些捐款最终都没有拨付给被救助者，甚至在被救助者去世后，这个慈善机构还在以这些孩子的名义募集善款。郑鹤红指出，9958将4.9亿本用于救助儿童的善款用于投资理财，甚至建立离岸公司以捞取不当利益。郑鹤红还指出，王昱利用善款不是为了救助患者，而是为了捞取政治资本。2017年，王昱仅工资和奖金就30万元，而且因为中国的慈善机构运作机制不透明，容易导致贪污和捐款诈骗。很多中国网友同样表达了捐款机构和贪官的不满，认为捐款被贪官贪污和洗钱。[16][17]
1月20日，中国民政部向负责9958儿童紧急救助中心运营的中华少年儿童慈善救助基金会送达责令改正通知书，批评中华少年儿童慈善救助基金会为吴花燕募捐行为超出募捐方案限定的救助范围，责令妥善处理捐款并及时向社会公布。中华少年儿童慈善救助基金会则宣布，9958儿童紧急救助中心将募捐受益人为0至18岁困境大病儿童的募捐方案用于吴花燕，因而违反中华儿慈会的相关规定，中华少年儿童慈善救助基金会决定于当天起，把为吴花燕募集的善款1004977.28元，全部退回捐助人。退款将在15个工作日内完成[18]。