王徵晚年正逢李自成起兵反明，面对国破家亡的残酷事实，他必须在“大节”和“十诫”之间立做判断，深浸于儒家传统的王徵，最终毅然选择了自杀尽节，时值1644年，享年73岁。

崇祯十六年十月，李自成陷西安，王徵听闻李自成欲其出来做官，于是先自题墓石曰「有明进士奉政大夫山东按察司佥事奉敕监辽海军务了一道人良甫王徵之墓」，又书「精白一心事上帝，全忠全孝更无疑」等字付其子永春，更引佩刀坐卧家中的天主堂准备自尽，声言欲「以颈血谢吾主」。