如果学校差距不是很悬殊的话我建议首选城市，不过日本留学我不是很了解，看同学经历好像交换经历比较有价值，还有同学提前跟着日本导师做科研得以拿到名额的，如果学校因素非常大那你可以多看看好学校。如果有限的话我觉得城市非常非常非常重要，在北海道你可能最多去三四趟东京，比游客见识的其实没有多到哪去，但如果在东京的话，深入体会几个月国际化大都市的城市建设、历史遗迹、展览、文化还是非常好的。参观首都的各种行政场所、博物馆也蛮有意思。升学方面去东大听听讲座听听课找找心仪的教授说不定也有机会。我是在台北交换过，还是比较庆幸当时没有选择台南凤梨田里的一个相对更好一点的大学的。你可以多问问有经历的学长姐和前辈权衡一下