主体思想的产生始于1956年苏共二十大上赫鲁晓夫的秘密报告。由于苏联出现反对个人崇拜的思潮，朝鲜劳动党内也出现反对金日成个人崇拜的力量，以“苏联派”和“延安派”为代表。金日成在镇压并肃清这两派反对势力后，提出“朝鲜革命应该以朝鲜党的思想为主体，因为朝鲜党熟悉朝鲜历史、朝鲜地理、朝鲜人民的风俗习惯；苏联派和中国派采取的是苏联式或者中国式的革命方法，不适合朝鲜的国情”，反对亲华派的“事大主义”和亲苏派的“教条主义”。以此为契机，“主体”这一用语开始出现在朝鲜的政治生活中。

1967年，金日成综合大学总长（校长）黄长烨将金日成有关朝鲜革命的想法综合成思想体系，提出主体思想是朝鲜在从反封建主义时期到共产主义时期应当遵循的指导思想。

1972年12月，《朝鲜民主主义人民共和国宪法》规定，“把马克思列宁主义创造性地运用于我国现实的朝鲜劳动党的主体思想作为自己活动的指针”。主体思想在1977年之后取代了马克思主义和列宁主义，成为朝鲜劳动党和朝鲜式社会主义建设的指导思想。1980年10月，朝鲜劳动党第六次代表大会通过的新党章把“金日成同志的革命思想、主体思想作为唯一的指导方针”