911事件以后，北约发动阿富汗战争，推翻塔利班政权，奥马尔逃亡到阿富汗与巴基斯坦山区继续抵抗，他被美国政府悬赏一千万美元进行通缉。媒体认为他在巴基斯坦境内指挥塔利班对抗哈米德·卡尔扎伊政府以及来自北约的军队。2015年7月，证实穆罕默德·奥马尔因为肺结核，于2013年4月于巴基斯坦的医院逝世。塔利班成员继续以绑架人质或发动恐怖攻击的方式进行对抗，如2007年挟持韩国人质事件。7月19日，23名韩国人质被塔利班绑架。塔利班要求释放关押在阿富汗监狱中的所有塔利班成员，并要求韩国军队撤出阿富汗。塔利班绑架的23名韩国人质，除2名被杀害外，21名人质全部获释，长达42天的人质危机也终告结束。塔利班于2014年分裂成“自由联盟”、“卫士”与马赫穆德三大派系。主要分布在阿富汗与巴基斯坦山区进行游击活动。2015年4月，塔利班指责极端组织“伊斯兰国”（ISIS）的一系列行为违反了伊斯兰教法，并以奥马尔的名义将其定为非法组织。与此同时，伊斯兰国势力不断向阿富汗境内渗透，与塔利班发生武装冲突。2018年2月，阿富汗总统承认塔利班是合法政治团体。6月7日，阿富汗政府宣布将对塔利班实行为期一周的停火。6月9日，塔利班宣布与阿富汗政府军进行为期3天的停火，这是自2001年阿富汗战争来，塔利班首次宣布停火。
2019年5月，阿富汗总统宣布释放175名塔利班囚犯，并呼吁塔利班放弃战斗，加入和平进程。特朗普曾严厉批评了2014年的囚犯交换，并承诺将派遣更多军队加倍努力打败塔利班。但是塔利班充分利用阿富汗地形特征和宗教动员，在2018年控制了近一半的阿富汗领土，并且对部队和政府官员进行近乎每天一次的袭击。

2018年11月，塔利班和美国在卡塔尔进行了三天的会谈，会谈旨在重振阿富汗和平进程。根据阿富汗重建特别监察长的报告，截至2018年1月31日塔利班已经占据59个县（占总数约14.5%），另有119个县（29.2%）陷于双方争夺中，塔利班同时继续向城市地区制造爆炸案和游击进攻。

2019年4月30日美军宣布日后不再公布双方领土人口对比，更是引发一轮质疑是否是数据逆转所以不敢再公布。2015年7月，阿富汗政府和塔利班代表在巴基斯坦举行和谈，中美都派代表参加。这是阿富汗政府与塔利班之间的首次官方和谈。

2019年9月初，消息称美国和塔利班达成了谈判框架。特朗普原本要于9月8日与塔利班进行和谈，但因塔利班稍早前在喀布尔的袭击导致美国军人死亡，特朗普宣布取消与塔利班的谈判。2020年2月29日，美国与塔利班签署协议，协议规定驻阿美军将逐步撤军，阿富汗塔利班则保证打击基地组织、伊斯兰国，并与阿富汗政府进行和平谈判。

但由于阿富汗总统拒绝释放塔利班囚犯，塔利班与阿富汗政府再次爆发冲突。仅仅在3月4日，塔利班又杀死至少20名阿富汗士兵和警察。塔利班在阿富汗34个省当中的15个省发动30次袭击，共杀死35名阿富汗士兵。随后塔利班遭到美军空袭。4月20日，塔利班又杀死至少23名阿富汗军警及9名平民。

2020年9月，阿富汗政府与塔利班在卡塔尔谈判。但伤亡事件依旧持续。阿富汗政府希望双方达成政治安排之前塔利班率先停火，但塔利班拒绝接受。
拜登就任后，宣布美军将于2021年5月1日开始撤军，截至9月11日前将全部撤出。2021年7月2日，美军将巴格拉姆空军基地移交至阿富汗军方接管。白宫新闻秘书表示驻阿美军预计于8月底前完全撤出。一方面外国军队开始撤离阿富汗；另一方面，阿富汗塔利班则在阿富汗全国各地发动若干次重大攻势扩张其势力版图。
2021年8月12日，塔利班攻占阿富汗第二大城坎大哈、第三大城赫拉特，以及西南部各省。8月14日，北方大城马扎里沙里夫也被塔利班占领。

8月15日，塔利班军队已进入首都喀布尔总统府，总统已流亡塔吉克斯坦，政府代表宣布总统辞职并向塔利班和平移交政权，神学士们于20年后重新掌权阿富汗。沙特阿拉伯被指控支持塔利班。2009年12月的外交电报中，希拉里敦促美国外交官加大力度，阻止海湾阿拉伯国家的资金流向恐怖分子，写道“沙特阿拉伯的捐助者是全世界逊尼派恐怖组织最重要的资金来源”，并且“需要做更多的工作，因为沙特阿拉伯仍然为基地组织、塔利班、虔诚军和其他组织提供重要财政支持”。