塔利班处决纳吉布拉遭到国际社会，尤其是穆斯林世界的广泛谴责，联合国发表声明强烈谴责这一残暴行径，并称这样的谋杀将进一步动摇阿富汗的局势。塔利班则以缺席判处拉巴尼、马苏德、杜斯塔姆死刑作为强硬回应。

这时反塔利班联盟中唯一具有与塔利班正面对抗能力的只剩下马苏德一派。
1979年苏军进驻后，马苏德重返家乡潘杰希尔组织游击队，进行武装斗争。到1982年游击队发展到3000多人，多次击败苏军的围剿，因此赢得了“潘杰希尔雄狮”的称号，并在潘杰希尔地区建立了一个规模较大的、组织机构齐全的游击队根据地。苏军撤出时，马苏德放弃了传统的游击战，组建了一支4万多人的正规军。 马苏德还十分重视建立统一战线。他先后与非普什图族部落首领、地方政要和地方武装头目建立联系，扩大了他在阿富汗北部和西部的政治影响。

1996年马苏德被塔利班赶出喀布尔后，率领北方联盟倚踞北部山区一直与塔利班武装抗衡。

马苏德生活俭朴，关心部属。他的部队从出口祖母绿和天青石中获得收入。
2001年9月9日，马苏德接受两名阿拉伯记者的访问，被其中一名基地组织派遣的刺客相机内隐藏炸弹，以自杀性爆炸刺杀。9月15日，马苏德被宣布不治逝世。

此事事后被证明是基地组织为九一一事件所做的准备工作之一。

塔利班下台后，马苏德被追授为“阿富汗民族英雄”。马苏德的逝世日期被视为国定假日。