苏联军队自1989年从阿富汗撤军，阿富汗随即爆发内战，失去靠山的政权统治岌岌可危。

纳吉布拉于1992年4月16日宣布向圣战者投降，并辞去总统职务。叛军攻陷喀布尔之前，纳吉布拉让妻子、岳母和3个女儿搭乘最后一班飞机亡命新德里，而他自己只能藏匿在联合国驻喀布尔的办事处中，一呆就是4年。
1996年9月27日，塔利班士兵闯入联合国驻喀布尔办事处，将纳吉布拉从里面拖出来，指责他信奉无神论、背弃伊斯兰教、违反神的意愿、使阿富汗陷入混乱，将他当众阉割，然后被拴在一辆卡车后面拖着游街示众直至死去，年仅49岁。

他的血腥的尸体被悬挂在红绿灯上示众以昭示“一个新时代的来临”。 纳吉布拉的嘴里被塞满了钞票，所有手指都被砍掉，塔利班士兵将雪茄插在他手指的位置。

他的兄弟沙赫普尔·艾哈迈迪扎伊遭到同样的酷刑。起初纳吉布拉和艾哈迈迪扎伊因为他们的“罪行”，不允许举行伊斯兰葬礼，后来尸体通过红十字国际委员会被交给帕克蒂亚省自己的部落安葬。