2015年10月19日，亲自以北京市教育工委书记身份，去北京大学上思想政治理论课[12]。在执掌北京市教育系统之后，力主推进取消“择校生”，推动小学、初中“就近入学”。其中取消“共建”，被认为是力度最大的一条[13]。过去，国家部委、央企等强势部门都会通过单位赞助钱或物的方式，和一两所优质中小学签订“共建”协议，以此保障职工子女优先入学。这一做法因有违教育公平广被诟病。但此举也导致对苟仲文的不满声音开始出现，屡有言论指其“外行领导内行”。如在北京推行的中招新政，就有不少家长不满，称违反公平正义原则，“毁了这一届孩子”。
我之前在贴吧还是哪里看到有人骂他，当时他刚调到体育局，说是在教育系统里搞太烂，又是包子的人，只能把他挪到体育这个不影响民生的地方