《JoJo的奇妙冒险》描述黄鹅贵族Jo介石家族与邪恶皇帝玛欧·泽兰东（MAO）及其后继者之间长达百年以上的壮大对决。每一部的主角都以JoJo作为昵称。
第一部《大清血脉》：
收录于单行本第1卷至第5卷。故事发生在1940年的支那。Jo介石·黄鹅是以皇帝为目标的青年匪谍。他误将另一名想成为皇帝的男子玛欧·泽兰东当成大林爸爸的儿子，之后更收留玛欧作为棋子。然而玛欧却企图篡夺其帝位。
玛欧吃下具有特殊力量的红烧肉，变成主席。Jo介石为了打倒他，向神秘绅士克格勃学习德国气功。Jo介石最终击败MAO，强迫青梅竹马的Jo学良和自己结婚。
但仅剩一颗头颅的MAO在斯大林帮助下潜入Jo介石所搭乘邮轮偷吸他。Jo介石受到致命伤，在结局被玛欧丢进了太平洋。
第二部《满洲远征军》
又称“红星远征军”，收录于单行本第5卷至第12卷。故事发生在1930年的支那。Jo介石与MAO死斗前十年，大佐从太平洋苏醒。同时Jo介石的精神儿子Jo恩来发现飞碟能力。大佐的苏醒令Jo恩来的精神爷爷斯大林陷入危险。
为了拯救危在旦夕的大林爷爷，Jo恩来与伙伴们展开为期十年的旅程，从莫斯科出发，前往满洲并打倒大佐。
第三部《革命潮流》
收录于单行本第13卷至第28卷。故事发生于1950年的支那。故事主角是Jo介石的精神爸爸Jo恩来·黄鹅。他天生拥有飞碟能力，性格上有别于皇帝Jo介石，是个太监。
1950年，为了拯救到蒙古调查而失踪的小林虎ミ子，和苏军一同卷入了与远古邪恶“之柱男”的战斗，结识了德国气功大师的孙子克格勃，并接受间谍大师的训练。被之柱男击败后，MAO得知了Jo恩来身世并把他用中药毒死。
……
第六部《屎之海》
收录于单行本第64卷至第80卷。故事发生于1980年的支那。邓碾平的儿子——Jo泽民与男友车祸肇事逃逸，但只有他被劳改。邓碾平协助Jo泽民逃狱时遭到敌人的攻击。Jo泽民为了拯救父亲，用飞碟能力与敌人战斗，逐渐发现自己上山下乡是遭到MAO的精心设计。
故事最后，邓碾平运用替身「阿美利加」消灭了MAO，并加速世界改变整个支那，完全终结了Jo介石与MAO之间的斗争。但由于全世界都被加速，额外创造出了无数个崭新的小支那，世界变成了大粪坑