這原因複雜了，你指的台灣原住民如果是指南島語族的那些人，從荷蘭時期就被殖民了，死了很多也通婚了很多，其他遷到深山的後來被稱作高山原住民，這些高山族在日治時期也受到很慘的統治(題外話)。而台灣漢人雖然經過割地這種傷害愛國情感的事，很多對於同宗同族的中國人還是充滿憧憬的(至少我是這樣理解的，哈)，可能當時的台灣漢人也覺得自己是中國人吧